医疗服务保障工作是历年学生军训保障工作的重要组成部分。为保证军训顺利完成，校医院早在暑假前就制定了详细的医疗应急与保障预案，进行了药品采购、人员安排和设备配备。
新生军训期间，奉贤校区校医院各诊室门前熙来攘往，井然有序。一些体感不适的学生，在校医院工作人员的协调下，静候医务人员给他们检查身体。各科室医生、护士各司其职，医疗检查工作井井有条，皮肤晒伤、中暑、脚腕扭伤、流鼻血、皮肤擦伤，血压异常升高、急性肠胃炎等各种问题均得到妥善诊治。在南操场和北操场，校医院也都安排了医务人员并设立临时救护点，处理各种紧急事故，保证军训期间医疗工作万无一失。
据悉，每年军训期间校医院全体医护人员持续半个月加班加点是常态。今年暑期奉贤校医院的大修工程受天气原因限制未按时交付使用。开学前十天，校医院全体医护人员在何院长的带领下，齐心协力，做好各个科室仪器设备的恢复、测试。同时，针对新生入校后可能发生水土不服等情况，做好了充分准备，提前做好军训中突发事件应急处理的培训工作。开学后，校医院每一位员工，不管家住徐汇还是宝山、杨浦、虹口、浦东，不管是否前一天值好夜班，每天往返、任劳任怨，持续三周无休，确保军训期间医疗保障工作的正常开展。
本次军训期间，校医院接待门诊病人2200余人次，完成新生体检5893人。
